还有就是沿途驻跸的行宫问题，如果是朱载坖一人出巡的话，大可以轻车简从而行，但是这次是奉请皇太后，皇后也随行，自然是要沿途驻跸，设置行宫了。南巡人数多、规模大，每日行程之后都需择地停留休息，除了驻跸御舟之上之外，还是要在沿途的大城市驻跸的。
同时这次南巡随行的官员、护卫官军众多，肯定是要设置行营的，朱载坖要求沿途官府考察行营设立的位置，行营的地理位置一般选择平坦、开阔、干燥的地方。朱载坖特地下旨：至修垫营尖各盘，务择宽展平坦地面，或遇窄洼泥泞之处必须修垫者，将修处先期报部，遇有山嘴石冈必须开凿，或沙塍平坡应加刨掘者，先行核报。
同时就是行程的规划了，对于奉请皇太后南巡这样的重要的事情，朱载坖当然是要详细规划行程，保证万无一失的。根据规划，圣驾于二月九日启程，车驾离开京师，至三月十九日抵达南京应天府。圣驾启程，首先抵达通州，在通州换乘御舟，后沿大运河一路南下，航经济宁、徐州、淮安、扬州，从扬州渡过长江，抵达南京。
此外就是护驾官军和随扈臣子的选择了，在朱载坖命令他，总督河漕潘季驯先行巡视河道，各府州县衙门也要查看自己辖区内的河道，加以整修。
同时遣英国公张溶、丰城侯李寰、襄城伯李应臣为先导官，统帅前锋在前开路，总督京营临淮侯李庭竹为御营总兵，统帅神机营、五军营各一部，护卫外围，三千营参将李如松充御营副总兵，统帅精骑随扈，府军前卫和金吾卫随行，领侍卫内大臣严绍庭统帅勋卫河侍卫处侍卫负责宿卫行宫等贴身护卫，锦衣亲军都指挥使陆绎率领锦衣亲军精锐随扈。
内阁中次辅张居正、阁臣陈以勤、郭朴随行，吏部尚书杨博、兵部尚书霍冀、工部尚书朱衡、右都御史海瑞随行，顺宁侯、提督国子武学俞大猷和萝川侯、协理国子武学马芳在圣驾离京之后，由俞大猷暂代总督京营，马芳暂代京卫都指挥使，掌管留在京师的京营和亲军诸卫。
首辅高拱和内阁吕调阳留守京师，太子朱翊釴监国，负责处理日常政务，有军国大事，报朱载坖处理。
安排完了这些，朱载坖让李皇后准备南巡要准备的器物等，而大明官军在李如松和刘汉的率领下，也来到宽甸六堡，女真诸部也早就得到了总督蓟辽汪道昆的指令，王兀堂、王台、尼堪外兰等女真大酋长都率领自己的部众前来，与官军汇合之后，刘汉、李如松率领二万余官军和女真人的联军，沿着鸭绿江巡边，同时震慑朝鲜人。
官军的举动显然使得朝鲜极为惊讶，朝鲜沿边的平安、咸吉道朝鲜驻军紧密观察着官军的动向，而新上任的礼部左侍郎兼理藩院左侍郎署院事茅坤也走马上任。