这时，杨毅看到了基地内的一架小型战机，他说道：“我们可以驾驶那架战机，从侧面突破敌人的防御网，直接攻击旗舰的能量核心！”神秘文明的首领点了点头，两人迅速冲向那架战机。
在其他队员的掩护下，杨毅和神秘文明的首领成功登上了战机。他们启动战机，向着黑暗势力的旗舰冲去。战机在敌人的飞行器群中灵活穿梭，不断地躲避着敌人的攻击。敌人发现了他们的意图，立刻有大批飞行器追了上来。
杨毅紧紧地握住战机的操纵杆，他的眼神专注而坚定。神秘文明的首领则负责操作武器系统，向追击的敌人发射导弹。在他们的努力下，终于突破了敌人的防御网，来到了旗舰的侧面。
旗舰的能量核心装置在他们眼前闪烁着幽蓝色的光芒，杨毅深吸一口气，对准能量核心发射了一枚特制的能量炸弹。炸弹准确地命中了能量核心，顿时，旗舰上爆发出强烈的光芒，能量核心开始不稳定地闪烁起来。
黑暗势力的旗舰似乎受到了重创，舰身开始剧烈摇晃，主炮也彻底失去了发射能力。杨毅和神秘文明的首领驾驶着战机迅速撤离，他们看着旗舰在身后摇摇欲坠，心中充满了喜悦。
然而，黑暗势力并没有轻易放弃。他们的地面部队依然在顽强抵抗，试图挽回败局。杨毅等人知道，他们还不能放松警惕，必须彻底击败敌人，才能真正取得胜利。
在接下来的战斗中，杨毅和神秘文明的战士们乘胜追击，他们利用敌人的混乱，逐步压缩敌人的防线。基地内的战斗依然激烈，但胜利的天平已经开始向他们倾斜。
随着时间的推移，黑暗势力的地面部队终于支撑不住，开始节节败退。杨毅看着敌人的残部狼狈逃窜，心中感慨万千。这场艰难的战斗，他们付出了巨大的代价，但终于取得了阶段性的胜利。
此时，基地外的天空已经泛起了鱼肚白，战斗的硝烟逐渐散去。杨毅和神秘文明的首领站在基地的废墟上，看着彼此疲惫但坚定的眼神。他们知道，这只是一个开始，黑暗势力依然存在，他们还需要继续努力，为了宇宙的和平而战。